《辦法》指出，各市州政府是本區域實行最嚴格水資源管理制度的責任主體，市州政府主要負責人是實行最嚴格水資源管理制度的第一責任人，相關負責人為直接責任人。
據了解，實行最嚴格水資源管理制度考核包括目標完成及制度建設和措施落實情況兩部分內容。最嚴格水資源管理制度考核期為五年，與國民經濟和社會發展五年規劃相統一。最嚴格水資源管理制度考核采取全面與專項、自查與互評、材料審查與實地抽查、定性評價與定量分析相結合的方式進行。
考核評定采用評分法，滿分為100分。考核結果劃分為優秀、良好、合格、不合格四個等級。考核得分90分以上(含90分)為優秀，80分以上(含80分)為良好，60分以上(含60分)為合格，60分以下為不合格。
年度或期末考核等級為“不合格”的市州政府，應在考核結果公布后1個月內，向省政府做出書面報告，提出限期整改措施，同時抄送考核組成員單位。整改期間，水行政主管部門暫停該地區建設項目新增取水和入河排污口審批，環保部門暫停該地區主要水污染物排放建設項目環境影響評價審批。對拒不整改或整改不到位以及在考核工作中有瞞報、謊報、漏報、不報等弄虛作假行為的市州，省政府給予通報批評，對相關責任人依法依紀追究責任。
